Il s'agit de la fonction principale assurée par le SKIM. L'efficacité du système est le résultat d'un échange air-eau par la création d'un microbullage sous pression d'une capacité de filtration descendant sous le micron. Ainsi l'ensemble des matières en suspension, jusqu'aux micro-organismes (bactéries ...) se retrouve piégé parmi les milliers de filtres formés par le microbullage. Le SKIM s'impose aujourd'hui sur le marché comme la réponse directe à toutes les contraintes qu'entrainaient les systèmes de filtration et stérilisation classiques (filtres à sable, UV ...), inadaptés au domaine de la conchyliculture et désormais obsolétes.